단백체 분석을 위한 정밀한 데이터 해석을 제공하는 다양한 알고리즘을 포함하는 웹 서버입니다. 아래와 같은 알고리즘을 제공합니다. 1. MODPlus : 수백 개의 잠재적 변형을 효율적으로 검색하여 최첨단 프로테오믹스 연구를 지원. 2. Dbond : 펩타이드 사이의 이황화 결합을 온전하게 분석할 수 있는 전문 소프트웨어. 3. MODa : 가능한 모든 변형에 대해 비제한적 모드로 한 번에 스펙트럼 검색이 가능한 전문 소프트웨어 https://prix.hanyang.ac.kr/

다양한 암 오믹스 데이터로부터, 약물/타겟/바이오마커/생존율 등 통합적 데이터 바이오를 누구나 쉽게 할 수 있는 스마트 온 프로젝트로서, 주요 기능으로는 데이터 간의 중요한 연관성 식별, 암의 복잡한 상호작용 이해, "consensus score" 할당을 통한 신뢰성 높은 발견 우선순위 지정이 있으며, AI 기반의 맞춤형 분석 기능도 제공합니다. https://qomics.io/

NetCSSP는 단백질 서열에서 접촉 의존적 2차 구조 경향성을 예측하는 신경망 기반의 도구로서, 단백질의 3차 구조 환경, 예를 들어 분자 간 상호작용 및 오접힘에 따라 2차 구조가 어떻게 변할 수 있는지 분석합니다. 또한 다양한 단백질의 3차 상호작용 에너지를 표준화하고 이를 바탕으로 7개 잔기 범위 내에서 2차 구조 변화를 예측합니다. 특히 amyloid fibril 형성의 핵심 서열을 정확하게 예측하는 데 강점을 지닙니다. https://cssp2.sookmyung.ac.kr/

전장유전체 데이터로부터 논코딩 변이의 유전 연관성을 평가하는 툴로서, 환자+대조군 VCF 파일을 사용하여 regulatory element 등에 대해 나타내는 유전 연관성을 category-based burden tests를 통해 계산합니다. 논문에 공개된 de novo mutation을 튜토리얼 예시로 제공하며, 실제 유저 각자의 VCF 파일을 사용하여 분석할 수 있습니다. https://github.com/joonan-lab/cwas

MUFFINN은 체세포 돌연변이 데이터의 네트워크 분석을 통해 암 유전자를 탐색하는 도구입니다. 암 환자로부터 얻은 방대한 체세포 돌연변이 데이터를 활용하여 암 유전자를 발견하는 새로운 접근법을 사용합니다. https://www.inetbio.org/muffinn/

MaizeNet은 옥수수(Zea mays) 유전자의 게놈 규모 공동 기능 네트워크입니다. MaizeNet은 다양한 오믹스 데이터를 통해 추론된 21개의 구성 네트워크를 통합하여 옥수수의 유전적 구조에 대한 종합적인 관점을 제공합니다.  https://www.inetbio.org/maizenet/

XooNet은 Xanthomonas oryzae pv. oryzae를 위한 확률적 기능 유전자 네트워크입니다.  XooNet은 (i) 경로의 새로운 구성원 찾기와 (ii) 네트워크 이웃으로부터 기능을 추론하는 네트워크 생물학 도구를 제공합니다. https://www.inetbio.org/xoonet/about.php

Single Cell Cancer Associated Fibroblast Atlas는 다양한 암 유형에서 암 관련 섬유아세포(Cancer-associated fibroblasts)의 특성을 단일 세포 해상도로 분석하는 데이터베이스입니다. CAF의 공통된 특성과 동태를 종합적으로 분석하며, 다양한 암 유형의 종양 미세환경(tumor microenvironment)에서의 핵심 역할을 확인할 수 있습니다. https://gist-fgl.github.io/sc-caf-atlas/

HRGM(Human Reference Gut Microbiome)은 한국, 인도, 일본의 845개 대변 샘플에서 새로 수집된 29,082개의 유전체를 포함하여 업데이트된 인간 장내 미생물 유전체 카탈로그입니다. 이 데이터베이스는 5,414개의 대표적인 원핵 생물 종에 대한 232,098개의 중복되지 않는 유전체, 1억 3백만 개 이상의 단백질, 2억 7천 4백만 개 이상의 단일 염기 변이를 제공하며, 장내 미생물의 분류 및 기능적 해석을 향상시킬 수 있는 중요한 자원입니다. https://www.mbiomenet.org/HRGM/

MRGM(Mouse Reference Gut Microbiome)은 쥐 장내 미생물 유전체 카탈로그입니다. 이 데이터베이스는 1,524개의 원핵 생물 종에 대해 42,245개의 중복되지 않는 유전체(90% 이상의 완전성과 5% 이하의 오염도)와 170만 개의 중복되지 않는 단백질에 대한 서열 및 기능 정보를 제공합니다. MRGM은 Kraken2 및 MetaPhlAn을 위한 맞춤형 데이터베이스도 제공하여 메타지놈 서열 판독의 분류를 용이하게 합니다. https://www.mbiomenet.org/MRGM/